Em seu primeiro ano no profissionalismo, o time foi treinado por Lauro Búrigo. A primeira partida do clube aconteceu no dia 24 de janeiro de 1988, no Estádio Augusto Bauer, com uma vitória de 3 x 1 sobre o Hercílio Luz de Tubarão. Touchê, ponta-direita vindo do Rio de Janeiro, foi o autor do primeiro gol da história do Brusque F.C. Neste ano, o Brusque classificou-se para o hexagonal final do campeonato, terminando o campeonato na quarta colocação. No segundo semestre, o Brusque ainda participou do Brasileiro da Série C, onde foi eliminado na segunda fase, tendo este mesmo desempenho em 1989.
No ano de 1990, o Brusque ficou com o vice-campeonato da Copa Santa Catarina, competição disputada no segundo semestre, paralela ao campeonato brasileiro, que não possuía catarinenses na disputa. O Figueirense sagrou-se campeão, ao vencer os dois confrontos por 1 x 0 e 2 x 1.
1992 foi o ano mais importante da história do Brusque. O empresário Amílcar Wehmuth, o Chico, era o presidente que trouxe duas importantes conquistas: no primeiro semestre, a conquista da Copa Santa Catarina, que dava ao campeão um ponto no Campeonato Catarinense daquele ano. Na fase de classificação, o Brusque ficou na segunda colocação. Na fase eliminatória, passou pela Chapecoense, empatando por 3 x 3 no oeste catarinense e vencendo por 2 x 0 no Augusto Bauer. Na fase semifinal, o time bateu o Marcílio Dias de Itajaí por 1 x 0 fora de casa no jogo de ida. Na partida de volta, a derrota pelo mesmo placar levou a decisão para a prorrogação, que terminou em 0 a 0 classificando o Brusque para a final contra o Avaí.
No dia 09/12/1992, no jogo de ida em Florianópolis, o Avaí venceu por 1 a 0, com um gol marcado nos momentos finais da partida. O Brusque teria que vencer o jogo de volta e empatar na prorrogação para sagrar-se campeão.
O jogo mais importante da história do Brusque Futebol Clube aconteceu no dia 13 de dezembro de 1992. Cerca de seis mil pessoas lotaram o Estádio Augusto Bauer e viram o Brusque vencer o Avaí por 2 x 1 no tempo normal, gols de Jair Bala e Washington. Na prorrogação, Cláudio Freitas fez um lindo gol sobre o goleiro Carlão, iniciando a festa em todo o município.
1993 marcou a ida do Brusque para a Copa do Brasil. O time foi eliminado na primeira fase pelo União Bandeirante, vice-campeão paranaense, com um empate em 2x2 no Paraná e derrota por 1 x 0 no Augusto Bauer. Neste ano, um fato insólito: Brusque e Avaí, campeão e vice de 1992, foram os times rebaixados para a segunda divisão de 1994, vindo o time retornar para a primeira divisão em 1995.
Em 1996, o Brusque foi novamente rebaixado para a Segunda Divisão, retornando em 1998 para a divisão de elite, após conquistar o troféu de campeão da segundona de 1997, vencendo o time do Biguaçu no dia 16 de novembro. Neste ano, a presidência do clube era do advogado e desportista Ricardo Vianna Hoffmann.
No ano de 1998, de volta à Primeira Divisão, o técnico era Gassém Salim Youssef, que conduziu o Brusque à terceira colocação no estadual, com uma campanha valorosa, destaque para a goleada em cima do Figueirense por 4 x 2 em pleno Estádio Orlando Scarpelli, no dia 15 de fevereiro.
Em 2000, o Brusque precisou disputar um torneio seletivo. A Rede Brasil Sul (RBS) havia comprado os direitos do estadual, e exigiu que apenas oito equipes integrassem a divisão de elite em 2001, sendo que Avaí, Figueirense, Criciúma e Joinville estavam previamente classificados sem a necessidade de seletiva. O Brusque ficou na sexta colocação, e voltou para a segundona.
Em 2001 a presidência do clube passou para o médico ortopedista André Karnikovsky, num ano que o Brusque teve uma atuação discreta, sem almejar o título. No ano de 2002, o empresário João Beuting tornou-se presidente, para a disputa da Segunda Divisão daquele ano.
O time teve um início muito turbulento, com a seqüência de resultados insatisfatórios do time, treinado por Luiz Freire. No segundo turno, José Antônio Martins foi contratado, e ele implantou uma nova filosofia no clube, que não poderia perder nenhum jogo correndo o risco de eliminação. O time acabou desclassificado no dia 17 de novembro, goleado pelo Kindermann de Caçador. O Brusque estava bastante desfalcado, pois a confusão no jogo de ida, resultou na expulsão de vários titulares.
No ano de 2003 o Clube Atlético Carlos Renaux e o Clube Esportivo Paysandu, através de ações jurídicas, recuperaram a posse dos Estádios Augusto Bauer e Cônsul Carlos Renaux. Como o "vovô" fez uma proposta fora da realidade à época, a diretoria resolveu não participar de campeonatos profissionais naquele ano, voltando em 2004.
No ano seguinte, o Brusque disputou o Campeonato Catarinense da Série B1, e estreou no dia 25 de abril, vencendo o rival Carlos Renaux por 1 a 0. No clássico seguinte, nova vitória, pelo placar de 2 a 1, em 25 de julho. O time sagrou-se campeão do segundo turno do campeonato, ao vencer o Juventus em Jaraguá do Sul na prorrogação, em 7 de novembro. O mesmo Juventus seria o adversário do Brusque na final do campeonato. O time de Jaraguá sagrou-se campeão, mas o Brusque havia alcançado o seu objetivo de subir para a Série A2 no ano de 2005, como vice-campeão.
O Brusque Futebol Clube manda seus jogos no Estádio Augusto Bauer, o "Gigantinho".
